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Génome de BigFoot: analyse critique

Par | Catégorie: Biologie, Décryptage | Le 29 mai 2013

Il y a quelques semaines Marc, du blog Tout se passe comme si indiquait avoir été contacté par des journalistes au sujet d’une étude controversée coordonnée par la désormais célèbre Melba Ketchum clamant l’existence du mythique Bigfoot. Son billet tentait de répondre à la question: « comment critiquer une étude fantaisiste sans paraitre hautain? ». Question à laquelle il est effectivement difficile de répondre.

Dans ce billet, j’essaie de montrer qu’il est cependant possible de démontrer de manière tendant à être objective que l’article en question est d’une extrême faiblesse (pour rester objectif donc). Le but est de montrer comment un raisonnement scientifique permet de facilement démontrer que cet article ne permet en aucun de donner du crédit à la démarche et aux conclusions des auteurs (à savoir: Bigfoot est vivant, on l’a séquencé). Au passage, cela devrait permettre aux non experts d’aussi comprendre ce qui cloche et d’emporter avec soi un peu plus de connaissances.

Je fais ici fi du contexte de « publication » de l’article (équipe sans expertise en évolution humaine, création d’un journal spécifique pour publier ce papier dont personne ne voulait,…) qui aura grandement contribué à l’accueil sceptique de cette étude. Ces détails alarmants ont déjà été abordés dans de nombreux billets (sur le bloug ou en anglais, encore, et encore, et encore) et même s’ils mettent en lumière de mauvaises pratiques scientifiques ils ne permettent pas d’être définitif quant à la qualité du travail fourni.

Je ne me suis ici concentré que sur une partie de l’étude, celle pour laquelle j’ai le plus d’expertise, à savoir le séquençage et l’analyse du génome des prétendus échantillons de Bigfoot. Et cela suffit déjà largement à discréditer cette étude.

Un génome complet et pur. Si, si, faut nous croire.

Entre différentes analyses, les auteurs de cette étude ont donc complètement séquencé le génome de 3 des échantillons supposés de BigFoot. Le séquençage s’est fait das un laboratoire externe, expert en nouvelles technologies de séquençage. Jusque là, en apparence, tout va bien.

Mais dès que l’équipe de Ketchum touche ou interprète les données, cela se gate. Un de leur premier réflexe est d’essayer d’identifier de potentielles contaminations. Louable intention dans la mesure où la contamination par des bactéries (les échantillons ont été prélevés en pleine nature, sur le sol ou des troncs d’arbre) ou des humains (lors de la manipulation des échantillons) est un problème majeur lorsque l’on cherche à identifier de nouvelles espèces proches de l’homme. Le récent séquençage du Denisova nous a appris énormément sur le sujet. Cependant, au lieu d’utiliser des méthodes statistiques robustes et précédemment utilisées pour ce genre de problème, les auteurs se contentent de claironner que leurs échantillons sont exempts de contamination (leurs laboratoires et techniciens doivent être ultra aseptisés). Et c’est le score Q30 des réactions de séquençage qui leur dit ça. Selon eux, le score élevé obtenu indique une extrême pureté de l’échantillon. Une simple recherche Google nous permet de trouver cette page qui nous apprend que ce score indique seulement la qualité de la lecture des nucléotides de la séquence. La seule chose que l’on apprend donc est que le labo expert ayant séquencé leurs échantillons a fait un très bon travail. Peu importe ce qui a été séquencé, la lecture des A,T,G et C s’est bien déroulée. La bonne nouvelle est donc que M. Ketchum en a eu pour son argent. Pour la pureté des échantillons il faudra des preuves plus convaincantes. Malheureusement, les auteurs n’en proposent aucune.

Malgré tout, les analyses continuent et l’on apprend qu’en utilisant le déluge de séquences que la technologie utilisée permet de générer, les auteurs ont pu analyser, un minuscule bout du chromosome 11. Un tel jeu de données leur permettrait d’avoir une séquence quasi complète du génome comme cela est fait de manière standard tous les jours à travers le monde. Mais, pour des raisons non déterminées, nos génomicistes en herbe préfèrent jeter la majeure partie des données (qui ont du coûter quelques milliers de dollars), et se concentrer seulement sur une infime portion du génome étudié.
Si vous pensiez récupérer les données pour analyser vous même leur ensemble, dommage, seule une partie infime des données déjà traitées est disponible. Au format PDF de surcroit. Un bio-informaticien frôle déjà la tachycardie lorsque l’on stocke des séquences dans un fichier Word. Dans ce cas là, des infarctus sont à prévoir. Les données brutes ne sont quant à elle pas du tout disponibles.

Un arbre un peu secoué

A ce stade là, on commence légèrement à douter de la compétence des auteurs à mener des analyses aussi pointues. Mais ils continuent leur analyses, ce qui aura au moins le mérite de nous convaincre une fois pour toutes qu’ils sont totalement incompétents dans le domaine.

La meilleure manière de visualiser la parenté entre espèces est l’utilisation d’arbres phylogénétiques. Ce que les auteurs firent donc. Le résultat est visible ci dessous.

bigfoottree

Lors d’une telle analyse, les espèces les plus proches d’un point de vue évolutif (comme l’Homme et le chimpanzé par exemple) doivent se retrouver ensemble dans l’arbre. Ainsi, si le BigFoot était une sorte d’humain il devrait se retrouver tout proche des séquences humaines dans l’arbre. En regardant la figure, voici ce que l’on peut observer:

  • la phylogénie connue des espèces n’est pas respectée. Le gorille et le chimpanzé (Pan paniscus ou Pan troglodytes sur la figure) sont groupés ensemble alors que le chimpanzé devrait se retrouver groupé avec l’homme et le gorille dans un groupe externe à ces deux espèces. C’est un problème récurrent avec ces espèces très proches et l’analyse de leurs séquences a longtemps posé problème. Cela montre donc que la méthode utilisée ici n’est pas assez sensible pour avoir des conclusions solides lorsque l’on étudie des espèces aussi proches.
  • l’échantillon de bigfoot (en jaune) est groupé avec des échantillons d’un autre primate proche des lémuriens (Otolemur garnettii). Tout comme un échantillon humain qui s’est perdu dans le coin pour des raisons indéterminées. Si l’on pouvait donc donner un minimum de crédit à cette analyse (mais ce n’est pas le cas comme l’indique le point précédent), le bigfoot ne serait de toute façon pas proche de l’humain, mais plus d’une espèce de lorisiforme.

En bref, leur méthode ne marche pas et, même si l’on en faisait abstraction, elle ne permettrait que d’avoir des conclusion opposées à celles des auteurs.

La seule analyse de cette portion de l’article permet donc de conclure de la manière suivante: soit les auteurs mentent, soit ils sont hautement incompétents. Chacun se fera son opinion.

b7e

créateur de BiopSci
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3 commentaires »

  1. Je serai assez curieux de voir une espèce de loris de 2m de haut ;)
    Très instructif, merci !

  2. Salut,

    Super ton site. on apprend pas mal de choses !
    Il semble que l’on soit intéressé par des univers assez semblables (la science, ou tout du moins la biologie ^^).
    Si tu as le temps, hésite pas à venir faire un tour sur mon blog d’actu science, cinéma et jeu video : http://biologeeck.over-blog.com/

    Au revoir.

  3. [...] réclamait déjà un statut politique pour cette nouvelle espèce cousine de l’Homme. En y regardant de plus près, l’étude ne tenait pas du tout la route et on pouvait difficilement en tirer quelque chose. [...]

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